Při použití peptidů se často setkáváme s ukazateli čistoty a obsahu peptidů. Mnoho lidí se může divit, proč je jejich čistota peptidů 95 %, ale obsah peptidů je pouze 80 %. Jde totiž o dva zcela odlišné pojmy.
Peptidová čistota: Peptidová čistota se týká množství cílového peptidu detekovaného při 214 nm (214 nm je absorpční vlnová délka peptidového řetězce) pomocí HPLC analýzy.
Obsah peptidu: Udává procento peptidů ve vztahu k ne-peptidovým látkám ve vzorku.
Čistota peptidu se týká obsahu cílového peptidu detekovaného pomocí HPLC při 214 nm (214 nm je absorpční vlnová délka peptidového řetězce). Kromě cílového peptidu může HPLC detekovat nečistoty včetně: odstraněných sekvencí (cílovým sekvencím chybí jeden nebo více aminokyselinových zbytků), zkrácených sekvencí (sekvence generované během ochrany) a neúplně zbavených sekvencí (což vede k procesu syntézy nebo konečnému procesu štěpení). HPLC však nemůže detekovat vodu a zbytkové soli, jako je trifluoracetát (TFA) a acetát. Během syntézy peptidu je peptidová sekvence odštěpena z pryskyřice pomocí TFA a malé množství TFA je také generováno během čištění. Volný amino-konec a další postranní řetězce peptidu, jako je Arg, Lys a His, tedy mohou generovat malá množství nečistot TFA. Dalším problémem je vlhkost. Peptidy jsou obvykle dehydratovány pomocí lyofilizace, ale i tak bude voda existovat v různé míře v závislosti na kovalentní vazebné kapacitě. Proto dodávané peptidy typicky obsahují soli TFA a stopová množství vody, které jsou nedetekovatelné pomocí HPLC, což vede k rozdílům v obsahu a čistotě peptidu.
